Secara historis, institusi kelitbangan di Departemen Agama hadir pada tahun 1975 melalui Keputusan Menteri Agama (KMA) Nomor 18 Tahun 1975 yang mengatur pembentukan Badan Penelitian dan Pengembangan Agama.

KMA ini merujuk pada Keputusan Presiden Nomor 44 Tahun 1974 tentang Pokok-Pokok Organisasi Departemen, dan Keputusan Presiden Nomor 45 Tahun 1974 tentang Susunan Organisasi Departemen. Tugas dan Fungsinya adalah penyiapan data dan informasi rancangan kebijakan.

Dinamika unit kelitbangan hadir ketika diberlakukan KMA Nomor 1 Tahun 2001 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi, Kewenangan, Susunan Organisasi, dan Tata Kerja Departemen agama. KMA ini mengatur struktur organisasi yang tadinya bernama Badan Penelitian dan Pengembangan Agama, menjadi Badan Litbang Agama dan Diklat Keagamaan. Sesuai KMA, unit kelitbangan digabung dengan unit kediklatan yang semula berada diSekretariat Jenderal.

Setelah berganti nama, Badan Litbang Agama dan Diklat Keagamaan memiliki fungsi melaksanakan penelitian dan pengembangan bidang agama dan keagamaan, sekaligus juga melaksanakan pendidikan dan pelatihan pegawai Departemen Agama.

Berubahan struktur dan nomenklatur kembali terjadi saat diberlakukan Peraturan Menteri Agama (PMA) Nomor 3 Tahun 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja Departemen Agama. Pada PMA ini, organisasi berubah nama menjadi Badan Litbang dan Diklat.

Pada PMA ini, tugas Badan Litbang dan Diklat adalah menyelenggarakan penelitian dan pengembangan serta pendidikan dan pelatihan di bidang keagamaan berdasarkan kebijkaan yang ditetapkan oleh Menteri Agama. Kedudukan Badan Litbang dan Diklat semakin kokoh dengan dikeluarkannya PMA Nomor 10 Tahun 2010 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Agama.