Pendidikan agama hingga saat ini, seperti banyak dikeluhkan publik masih belum memenuhi fungsinya dalam membentuk karakter, dan kepribadian anak didik. Berbagai isu juga selalu mengiringi penyelenggaraan pendidikan agama di sekolah, antara lain: ketertarikan siswa terhadap pelajaran pendidikan agama yang minim, metode, strategi, pendekatan dan pola pembelajaran tidak menarik, pemahaman dan kompetensi guru agama yang lemah (Riset Puslitbang Penda, 2012). Di tengah kelemahan tersebut, selama ini juga terjadi banyak kasus pengabaian pendidikan agama sesuai agama siswa di sekolah. Sebagai contoh, pada tahun 2013 Puslitbang PENDA mendalami dan mengkaji kasus penolakan sejumlah lembaga pendidikan Katholik di kota Blitar, Jawa Timur, untuk memberikan layanan pelajaran agama non-Katholik kepada siswa yang beragama lain (Islam, Hindu, Buddha, dan Konghucu). Ada enam sekolah Katolik yang menerapkan kebijakan tersebut, antara lain SD Katolik Santa Maria, SD Katolik Yos Sudarso, SMP Katolik Yos Sudarso, SMP Katolik Yohanes Gabriel, SMU Katolik Diponegoro, dan SMK Katolik Santo Yosep (Laporan Puslit Penda, 2013). Untuk lebih lengkapnya, dapat diunduh di sini.