Berdasarkan hasil kajian Badan Litbang dan Diklat Kementerian Agama yang kemudian disosialisasikan oleh H.M. Atho Mudzhar melalui tulisannya dalam buku berjudul: “Merayakan Kebhinnekaan Membangun Kerukunan”, ada beberapa faktor penyebab ketidakrukunan atau yang dapat menimbulkan konflik. Faktor-faktor dimaksud meliputi “faktor keagamaan” dan “faktor non keagamaan”. Faktor-faktor keagamaan selain doktrin keagamaan, yaitu: (1) penyiaran agama; (2) pendirian rumah ibadat; (3) bantuan keagamaan luar negeri; (4) perkawinan antar pemeluk agama yang berbeda; (5) pengangkatan anak; (6) pendidikan agama; (7) perayaan hari besar keagamaan; (8) perawatan dan pemakaman jenazah; (9) penodaan agama; (10) kegiatan kelompok sempalan; dan (11) transparansi informasi keagamaan. Sedangkan faktor non keagamaan, meliputi: (1) kesenjangan ekonomi; (2) kepentingan politik dan (3) perbedaan nilai budaya (H.M. Atho Mudzhar, 2013:106-109). Faktor-faktor keagamaan di atas seringkali dijadikan pemicu timbulnya konflik sosial di suatu daerah, yang kemudian disebut konflik sosial bernuansa agama. Untuk lebih lengkapnya, dapat diunduh di sini.